Piwnica Auerbacha- Mefistofeles chcąc zdobyć duszę Faust. przyprowadza uczonego do słynnej karczmy "Piwnica Auerbacha" w Lipsku, gdzie spotyka się on z uciechami cielesnymi (wino, zabawa), które jednak go nie interesują. Diabeł mocą czarów wyczarowuje wspaniałe trunki, które wprowadzają biesiadników w obłęd. Następnie razem z Faustem podpala karczmę i wylatuje z niej.

Kuchnia czarownicy- Mefistofeles zabiera Faust. do czarownicy. Tam uczony otrzymuje magiczny napój, który zamienia go z powrotem ze starca w młodzieńca. Nagle w lustrze zauważa postać młodziutkiej, czternastoletniej, ślicznej Małgorzaty, którą postanawia uwieść i nakazuje Mefistofelesowi mu w tym pomóc.

Ulica- Podczas przechadzki Faust spotyka Małgorzatę, która wraca z kościoła i proponuje jej, że odprowadzi ją do domu, jednak ona odmawia. Wtedy doktor prosi o pomoc Mefistofelesa. Diabeł podrzuca jej do pokoju szkatułkę z biżuterią i piękne suknie. Matka Małgorzaty przekazuje szkatułkę księdzu.

Dom sąsiadki- Mefistofeles podrzuca następną szkatułkę Małgorzacie, która ta zanosi do domu sąsiadki Marty. Do domu Marty przybywa Mefistofeles, który podając się za przyjaciela jej męża, pana Schwerdlein, mówi jej, że on nie żyje. Udaje mu się namówić Małgorzatę na schadzkę z Faustem w ogrodzie Marty, natomiast sam umawia się z Martą.

Ogród- W ogrodzie spotykają się Marta z Mefistofelesem i Małgorzata z Faustem. Młoda dziewczyna jest zdziwiona, że tak uczony doktor interesuje się tak prostą dziewczyną, jak ona. Tymczasem Marta nie wiedząc, kim jest Mefistofeles, próbuje nakłonić go do zostania jej mężem.

Część druga

Rozpoczyna się na dworze cesarza, gdzie Faust i Mefistofeles służą władcy. W końcu uczony udaje się dzięki pomocy diabła do bogiń Matek, które instruują go, jak wywołać ducha Heleny Trojańskiej. Faust po powrocie dokonuje tego, po czym zakochuje się w marze i traci przytomność. Mefistofeles zabiera go do jego dawnej pracowni, gdzie były służący Faust. Wagner kontynuuje jego działalność, tworząc homunkulusa. Nowo powstały człowiek razem z diabłem i Faustem wyrusza w świat greckiej mitologii. Spotykają tam m.in. Chirona, Syreny. W końcu uczony spotyka Helenę, z którą zakłada rodzinę. Przez lata żyją sielankowo w Arkadii, w końcu jednak śmierć ponosi najpierw ich syn, potem zaś nie potrafiąca żyć bez swego dziecka Helena. Uczony wraca do swoich czasów. Bierze udział w bitwie u boku cesarza, za co dostaje we władanie nadmorski kraj, którym rządzi do późnej starości. Stara się stworzyć idealne państwo. Gdy zbliża się czas jego śmierci, lemury kopią mu grób. Mefistofeles oszukuje go, mówiąc, iż spełniają one kolejny jego rozkaz mający pomóc ludności. Wtedy Faust myśli "chwilo, trwaj, jesteś piękna!" i umiera. Zostaje jednak zabrany do nieba, gdzie już czeka na niego Małgorzata.